Penjujukan DNA boleh digunakan untuk menentukan jujukan gen-gen individu, kelompok genetik (iaitu gugusan gen atau operon), kromosom lengkap mahupun keseluruhan genom. Bergantung pada kaedah-kaedah yang digunakan, penjujukan boleh membekalkan turutan nukleotida dalam DNA atau RNA yang diasingkan dari sel-sel haiwan, tumbuhan, bakteria, arkea, ataupun hampir semua sumber maklumat genetik yang lain. Hasil jujukannya mungkin digunakan oleh para penyelidik dalam biologi molekul atau genetik untuk memajukan lagi sains ataupun digunakan oleh kakitangan perubatan untuk memilih rawatan atau memudahkan kaunseling genetik.